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一． 簡答題（6選3）
1、Basic BLAST分為哪幾種，各代表什麼含義?
tn: 用核酸序列檢索核酸序列數據庫
tp: 用蛋白質序列檢索蛋白質序列數據庫
tx: 把核酸序列翻譯成蛋白質序列後檢索蛋白質序列數據庫（查詢序列以所有6種讀碼框翻譯後再進行比較）
stn: 用蛋白質序列檢索核酸序列數據庫（數據庫中的核酸序列以所有6種讀碼框翻譯後與查詢序列比較）
stx: 把核酸序列翻譯成蛋白質序列後檢索核酸序列數據庫（查詢序列和數據庫序列都以所有6種讀碼框翻譯後再進行比較）
學號： 專業：
2、簡述染色體遺傳標記與常用檢測方法
染色體G帶分析 G Banding：將染色體標本用鹼、胰蛋白酶或其他鹽溶液處理後，再用Giemsa染液染色，在普通顯微鏡下，可見深淺相間的帶紋，通過條紋來識別染色體的異常。
染色體R帶分析 R Banding：R帶所顯示之深淺帶紋區域正好與G帶之帶紋相反。在G帶染色體的兩末端都不顯示深染，而在R帶中則被染色，因此R帶有利測定染色體長度以及末端區域結構的變化。
熒光原位雜交 FISH Fluorescence in situ hybridization:將DNA(或RNA)探針用特殊的核苷酸分子標記，然後將探針直接雜交到染色體或DNA纖維切片上，再用與熒光素分子偶聯的單克隆抗體與探針分子特異結合，檢測DNA序列在染色體或DNA纖維切片上的定性、定位、相對定量分析。
聚合酶鏈式反應 PCR Polymerase chain reaction：在DNA聚合酶催化下，以母鏈DNA為模板，以特定引物為起始點，通過變性、退火、延伸等步驟，體外複製出與母鏈模板DNA互補的子鏈DNA過程。是一項DNA體外合成放大技術，能快速的體外擴增任何目的DNA。
實時熒光PCR法 Real-time fluorescent PCR：在PCR反應體系中加入熒光基因，利用熒光信號積累實時檢測整個PCR過程。
PCR-反向點雜交 PCR-Reverse dot blot hybridization：先將帶用的探針分別點到硝酸纖維素膜或尼龍膜上，再將待測的DNA樣本與之雜交，待測樣本與具有同源序列的探針結合，再經相應的反應顯出雜交信號。
生物芯片法 Bio-chip Detection：將大量探針分子固定於支持物上後與標記的DNA樣品分子進行雜交，通過檢測每個探針分子的雜交信號強度進而獲取樣品分子的數量和序列信息。
3、請簡述連鎖分析和關聯分析異同點
1.相同點：（1）連鎖分析和關聯分析其目的都是找尋與疾病有關的基因位點；
（2）其原理和假説基本相似，均以相鄰近的DNA變異共分離為基礎；
2.不同點：（1）連鎖分析採用家系樣本；關聯研究採用散發樣本，也可用核心家系樣本；
（2）連鎖分析以重組率為基礎，應用LINKAGE核心IBD算法計算；關聯分析以連鎖不平衡為基礎，用卡方檢驗計算，得到相關性。
（3）連鎖分析一般是找到某個染色體區域，結果相對準確，假陽性小，但精細定位困難；關聯研究一般是找到某個基因位點，假陽性高，但可以精細定位。
（4）連鎖分析適用於致病性高、數量少的遺傳變異，對單基因遺傳疾病適用性好；關聯分析使用於中效甚至弱效的突變，對複雜疾病的研究適用性好。
連鎖不平衡並不等同於遺傳連鎖，它們之間既有聯繫又有區別：遺傳連鎖考慮的是兩位點間的重組率是否等於0.5，一般來説，同一染色體上的任何兩位點間都存在一定的連鎖關係。連鎖不平衡考慮的是不同位點上基因之間的.相關性，只要一個基因座上的特定等位變異與另一基因座上的某等位變異同時出現的機率大於羣體中隨機組合機率時，就稱這兩個等位基因處於連鎖不平衡狀態；當然，當兩位點間處於緊密連鎖狀態時，其等位基因間可能存在較強的連鎖不平衡關係。
4、簡述連鎖不平衡的意義
在某一羣體中，不同座位上某兩個基因同時遺傳的頻率明顯高於預期的隨機頻率的現象，稱連鎖不平衡 (linkage disequilibrium， LD) 。由於 HLA 不同基因座位的某些基因經常連鎖在一起遺傳，而連鎖的基因並非完全隨機地組成單體型，有些基因總是較多地在一起出現，致使某些單體型在羣體中呈現較高的頻率，從而引起連鎖不平衡。
連鎖不平衡是對連鎖分析的補充，在未知連鎖的情況下，可以檢測遍佈在基因組
中大量遺傳標記位點或是候選基因附近的遺傳標記來尋找因與致病位點區裏足夠近而表現出與疾病相關的位點。根據連鎖不平衡，更容易找到微效基因，對多基因病遺傳模式的研究有着很大幫助。
人類基因組中連鎖不平衡的程度和分佈情況在基因定位中極其重要，無論是作為複雜疾病精細定位時的工具，還是作為未來全基因組關聯分析的基礎。另外，連鎖不平衡的知識還有助於有關人類的歷史和起源，染色體重組等的研究。
5、遺傳學研究常用的實驗設計及其優缺點
* Family-based study
*Trio-based study
*病例-對照研究又稱回顧性研究。是一種探索病因的流行病學研究方法。是以一組患有某種疾病的人與末患這種病的人相對照，調查他們過去是否暴露於可疑致病因子及其程度，通過比較推斷某種因子作為病因的可能性。適用於發病率低的疾病
優點是方便、經濟、短時間內可獲得結果提供病因線索，
缺點是在選擇病例和對照時的偏性和回億偏性可能影響研究結論的可靠性。 *單純病例研究（case only study）
廣泛應用於疾病病因研究中，評價基因與環境交互作用的一種方法。
優點
1特別適合腫瘤及罕見慢性病的研究;
2在檢測基因與環境交互作用時, 可信區間更窄;
3所需樣本量小於病例對照研究樣本量的一半;
4因無對照組, 從而避免了對照選擇所引起的偏倚;
5節省人力、物力、時間並較易組織實施。
缺點
①只可以估計遺傳與環境交互作用(且為相乘作用) , 無法計算二者各自的主效應;
②不適用於基因外顯率高的疾病的研究;
③所研究疾病患病率不宜超過5%;
④除了可出現病例對照研究的病例選擇所引起的常見偏倚外, 還存在不同亞人羣暴露率和基因型頻率不一致所引起的偏倚。
*連鎖分析（linkage Study)
是根據染色體上不同等位基因的交換率或重組率來計算兩對（或兩對以上）基因之間的 染色體圖距，從而確定各個位點間的距離關係。
一般是以有關遺傳標記為“路標”， 以被定位基因與其連鎖路標的重組率為“遺 傳學距離”，進行基因定位。
*Lods連鎖分析法
Log odds score法，即對數優勢記分法；
基於遺傳模式的連鎖分析方法，應已知要研究性狀的遺傳模式，性狀控制位點的等位基因數目和每種基因型的外顯率。
6、簡述單基因病遺傳模式及研究策略
單基因病遺傳模式：常染色體顯性遺傳，常染色體隱性遺傳，X連鎖的顯性遺傳，X連鎖的隱性遺傳，Y連鎖的遺傳
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