常見生物軟件十個使用技巧

Q1.怎麼查找序列保守區？

A1：很多人查找序列保守區，一般通過序列多重比對後，肉眼判斷序列保守區，但此法難免太主觀，不具重複性，且選擇的保守區無法受統計上的顯著性檢驗。其實，實現這一目的，可以使用DnaSP-->“Analysis”-->“ConservedDNAregion”.

【Raindy注】設計簡併引物，用此法，簡單易用，強烈推薦...

Q2.多個FASTA格式保存的單條序列如何批量快速合併為一個文件？

A2：一條條添加，費時費勁，且容易出錯。解決的辦法有兩個：一是可以通過DNAMAN的“多重序列比對”後導出功能，即：添加序列所在的目錄，或全選相關文件，進行多重比對，導出Clustalaln文件，然後再轉換為FASTA；二是使用我們2012年新開發的序列火槍手套件的“”即可快速實現合併。

Q3.如何解決Clustalx多重比對（*格式）後轉為MEGA格式時提示出錯的問題？

A3：檢查所轉換MEGA的*文件最後幾行內容是否有*號，全部刪減之即可。因為Clustalx多重比對後，程序會自動添加一致序列。

Q4.為什麼DNAMAN軟件的很多功能菜單都顯示無法使用？

A4：DNAMAN軟件的精華在於通道（Channel）的應用，遇到功能菜單呈灰度無法使用時，不妨將序列載入通道後再試試...

Q5.如何讓多重比對美觀顯示又不佔篇幅？

A5：推薦使用WebLogo（）或SequenceLogo之類的在線工具處理。其實這類工具還有一個妙用－可用於設計簡併引物，簡併序列一目瞭然，如下圖的第7個鹼其位點，G/A=R。

Q6.如何在多重比對序列的上方顯示對應的蛋白質二級結構？

A6：使用ESPript（）對多重比對序列着色的同時，上傳預測的蛋白質結構文件*即可，效果如下圖所示，也可以下載《馬鈴薯Y病毒pipo基因的.分子變異及結構特徵分析》一文參考。

Q7.如何批量將核苷酸序列翻譯為蛋白質序列？

A7：推薦使用MEGA中的AlignmentExplorer，先將待翻譯的序列以FASTA格式保存，鼠標右鍵“打開方式”選擇用MEGA打開，在MEGA界面點擊“TranslatedProteinSequence”即可(下圖箭頭指示位置)，最後在“Data”菜單導出序列保存：

Q8.如何快速批量下載指定的序列？

A8：通常辦法是藉助一些生物軟件的檢索功能，諸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其實，NCBI自帶的BatchEntrez只需簡單三步即可輕鬆完成這一任務，詳見本人空間日誌《如何批量下載指定的序列》：。

Q9.如何快速進行基因的選擇壓力檢測及檢驗？

A9：提及基因選擇壓力的檢測，PhylogeneticAnalysisby Maximum Likelihood(PAML)可能是第一反應的分析工具，但PAML的操作令不少初學者望而卻步，快速完成基因的選擇壓力分析，推薦使用一個在線服務器Adaptive Evolution Server，提交序列後，先選擇一個最適的進化模型，再選擇一個壓力檢測方法即可，如：病毒羣體的可以選用IEFL法。

【Raindy注】Adaptive Evolution Server中GARD法是目前流行用於檢測重組的方法，非常不錯，推薦使用。

Q10.如何對多重比對序列進行排序？

A10：由於序列比對矩陣分值的不同，Clustalx比對後的序列順序會發生變化，解決比對後序列重新排序的問題，可以使用兩個軟件：

（1）MEGA5中的子程序Alignment Explorer，點擊下圖中的紅色箭頭即可實現序列升/降排序；

（2）直接用MAFFT軟件比對，在輸出格式選項設置輸出序列順序即可