「求助」關於勞動合同中的違約保證金

我在07年6月跟深圳一傢俬營企業簽訂了一份勞動合同（5月份上班），職位軟件工程師，約定服務年限是3年。
在合同的第十三條約定
.......
（三）雙方認定需要約定的其他事項：合同期內，每月發放工資的80%,預留20%作為違約保證金，累計到10000元，停止預留。乙方違約，則扣留違約保證金的，並應繳交差額部分。甲方違約，則歸還乙方違約保證金（連本帶息，按活期利率計算）。
（四）其它約定，合同期滿，違約保證金則一次性歸還乙方。
另外在勞動合同裏沒有（也就是我）約定了乙方解除合同的`條款，只有甲方。


跟公司也簽了一份《保密協議》，其中有兩個條款約定：
1.“甲方向乙方支付的報名費包含在乙方任職期間的工資報酬中而不單獨列支；乙方認可，離職時甲方無需另外支付報名費。”
2.乙方如違反本協議(也就是保密協議)任一條款，乙方應當一次性向甲方支付違約金10000元，乙方同意甲方從其勞動報酬中直接扣除違約保證金，如乙方工資報酬不足以支付全額違約金，乙方承諾按照甲方規定期限向甲方補交違約保證金餘額。
乙方的違約行為給甲方造成損失的，乙方應當賠償甲方的損失。損失額根據直接損失和間接損失計算。違約金不能代替賠償損失，但可以從損失額中抵扣。乙方同意甲方從其工資報酬中直接扣除損失補償金，如乙方工資報酬不足以支付全額損失補償金，乙方須按甲方規定期限向甲方補交餘額。

當時找工作心切以及沒有多少社會經驗，草草的把這兩份行政遞過來的合同協議都簽了。進了公司，內部做了簡單的培訓，快一年了感覺人挺沒成就感的，老是做一些瑣碎的事，學不到多少東西，工資也低。
1.現在工資每月被扣掉500元(合同約定的20%）,公司這樣做合不合法？我該怎樣維護自己的權益？
2.如果我以後在未滿3年服務期限辭職，會不會要賠償公司違約金10000元？是可以不賠還是可以減少呢？
謝謝！